一般出現下列情況時需要作結腸鏡(纖維結腸鏡或電子結腸鏡)檢查：
(1)有便血或暗紅色血便，考慮病變位置在結腸或直腸時。
(2)反復腹瀉、便秘或大便帶膿血時。
(3)不明原因的腹痛、貧血或身體消瘦時。
(4)大便習慣突然改變或排便困難時。
(5)氣鋇灌腸或胃腸造影發現異常，需進一步檢查結腸或明確病變性質時。
(6)已發現結腸病變，考慮經結腸鏡治療時。
(7)大腸息肉或腫瘤治療后復查時。
(8)大腸腫瘤的普查，特別是對大腸癌高發區、老年人、有大腸腫瘤家族史者進行普查時。 (
9)高度懷疑血吸蟲病，而多次大便檢查均為陰性時。